Недалеко от границы с Белоруссией, на юге страны, есть заповедник «Чяпкяляй». Заповедник был основан в 1975 году на площади в 8,5 тыс. га.

Здесь сохраняются природные комплексы верховых болот, сосновых и смешанных лесов и озер на болотистом водоразделе. Флора заповедника включает 654 вида высших растений, в том числе 58 редких для Литвы.

В составе фауны 64 вида млекопитающих (лось, косуля, кабан, волк, лисица, енотовидная собака, куньи хищники, рысь, зайцы – русак и беляк, белка, бобр и ондатра), а также 156 видов птиц (серый журавль, черный аист, утки, гуси, кулики, скопа, орлан-белохвост, тетерев, глухарь, ястреб-тетеревятник и другие).

В заповеднике обитают также 15 видов амфибий и рептилий.

У берегов одноименного озера, на северо-западе Литвы, расположен заповедник. Создан он был в 1979 году на месте существовавшего с 1960 года ботанического заказника. Площадь заповедника насчитывает 3,6 тыс. га.

В заповедной зоне сохраняются природные комплексы сосновых и смешанных лесов, болот и озер на моренной равнине.

Флора заповедника насчитывает 530 видов высших растений, в том числе 12 видов ив.

В составе фауны 36 видов млекопитающих (лось, благородный олень, кабан, волк, лесная куница, горностай, барсук, заяц-беляк, белка и другие таежные звери). Фауна птиц включает около 120 видов, среди которых редкие – серый журавль, черный аист, золотистая ржанка, осоед и малый подорлик.

На заповедной территории встречается также 10 видов пресмыкающихся и земноводных, а в озере Каманос обитает единственный вид рыб заповедника – окунь.

В юго-западной части Литовской республики, на левобережье бассейна реки Неман, находится заповедник «Жувинтас». Заповедник основан в 1937 году на площади в 5,5 тыс. га. Здесь сохраняются природные комплексы озера Жувинтас, окружающих его болот и лесных массивов.

Небольшое, мелкое зарастающее озеро Жувинтас с массой плавучих островков привлекает множество птиц, которых здесь насчитывается 240 видов. В их числе цапли, аисты, лебеди, гуси, утки, кулики, журавли, чайки, поганки, лысухи и другие. Много в районе озера и хищников, таких как соколы (сапсан, дербник, чеглок, пустельга), ястреба (тетеревятник и перепелятник), беркут, скопа и орлан-белохвост.

Из млекопитающих встречаются лисица, енотовидная собака, выдра, косуля, заяц-русак, кабан, лось, барсук, лесная куница, белка. Флора заповедника насчитывает 473 вида наземных и 142 вида водных растений.

На северо-востоке Литвы расположен национальный парк «Аукшайтия» . Парк основан в 1974 году на площади в 30 тыс. га. До 1991 года носил название «Литовский Национальный парк».

Национальный парк был создан для сохранения природных комплексов сосновых и широколиственных лесов, морено-ледниковых ландшафтов с многочисленными озерами. Включает живописное ожерелье Игналинских озер – один из популярнейших туристских районов республики.

Флора парка представлена 720 видами растений, из которых более 50 редких. В фауне широко представлены звери и птицы средней полосы Восточно-Европейской равнины, в том числе такие редкие птицы, как черный аист, малый подорлик, глухарь и другие.